Tallinna lahe kirdeküljel asuva Aegna saare kujunemislugu algas koos jää taandumisega Eesti looderannikult 11 000 aastat tagasi. Jää sulades jäid küngaste ja voortena maha liustike kuhjatud kruusa- ja liivalademed ning rändrahnudena lebama Soomest ja Skandinaaviast liustike toodud kaljupangad. Sel ajal tekkis pikioos Viimsi poolsaare kaguserval. Aegna veealune kõrgendik ja selle ümbruses asunud karid moodustasid Viimsi poolsaarega ühtse geneetilise terviku.
Aegna hakkas merepinnast kerkima umbes 3000 aastat tagasi. Esialgu ulatus merest välja vaid väike laid. 8. sajandil e. Kr. oli see vaid 1 km² suurune ja 2-3 meetri kõrgune. Neotektoonilise kerke mõjul hakkas see väike lapike kasvama. Tänapäeval on kunagise laiu kohal saare keskosas kõrgendik, mis ulatub ligi 11 meetrit üle merepinna. Suhteliselt hiljuti, vaid mõnisada aastat tagasi ühines Aegnaga Lemmik, mis kasvas kokku mitmest väikesest saarekesest. Praegu on saare pindala 293 ha. Arvatakse, et saare kasv jätkub peamiselt loodesse jääva madalmere arvel, kuhu ei pääse murdlainetus. Aegna satelliitsaar Kräsuli tekkis 1000-1100 aastat tagasi.
Võrreldes mandril asuvate küladega, on elu Aegnal olnud alati erinev. Seda on mõjutanud eelkõige saare isoleeritus. Ka tänapäeval sügistormidest kuni kevadeni pole lihtne saarelt mandrini saada. Saar on väheviljaka pinnase tõttu olnud ebasoodne maaviljeluseks ning tema väikesed mõõtmed seadsid piire ka rahvastiku osas.
Praegust Aegnat võib võrrelda lihvimata teemandiga, kuid paraku on see teemant väga habras väärotsuste suhtes. Poolikud meetmed tulemusteni ei vii.