Noorema põlve arheoloogide ja ajaloolaste koostatud ajalooatlas kajastab Eesti ajaloo olulisi protsesse ja sündmusi alates viimasest jääajast kuni kaasajani. Atlas jaguneb kronoloogiliselt nelja suuremasse ossa: esiajalugu, keskaeg, uusaeg ja lähiajalugu.

Iga ajalooperiood atlases algab sissejuhatusega, milles tutvustatakse selle perioodi iseloomulikke jooni, ühiskondlikke protsesse ja tähtsamaid sündmusi.

Väga põhjalikult ja uudse kaardimaterjaliga on kaetud muinasaja osa. Ülevaate saab arheoloogiliste kultuuride levikust. Erinevate arheoloogiliste mälestiste (nt asulakohad, matmispaigad, lohukivid) liikide ja vormide kaudu saab jälgida asustuspildi arengut läbi aja, asustuslaadi muutust.

Ka hilisemaid perioode kajastav osa (alates keskajast) sisaldab muu hulgas terve rea kaarte ja skeeme, mis põhinevad uuematel uurimistulemustel. Ülevaade antakse käsitletava perioodi haldusjaotusest ja suurematest muutustest nendes, kaardistatud on olulisemad sündmused (nt Jüriöö ülestõus, 1905. aasta revolutsioon) ning esitatud on rida vastavat perioodi iseloomustavaid teemakaarte (nt talurahvarahutused, rahvuslik ärkamine). Jälgitakse ka olulisemate institutsioonide arengut (nt koolivõrgu kujunemist, kohtupiirkondi). Võrdlusena on iga Eesti ajaloo perioodi juures ka ülevaatlik Euroopa kaart.

Lisaks kaartidele sisaldab atlas rohket illustratiivset materjali. Nii kaardid kui ka illustratsioonid on varustatud selgitavate tekstidega, mis võimaldab atlast kasutada iseseisva õppematerjalina.

Eesti ajaloo atlas on mõeldud kasutamiseks Eesti ajaloo kursuse lisamaterjalina peamiselt põhi- ja keskkoolis, kuid väljaannet saab kasutada õppevahendina ka kõrgkoolides ning see peaks huvi pakkuma laiemale ajaloohuvilisele lugejaskonnale.

Atlase 2. trükk on läbinud põhjaliku uuenduskuuri esiajaloo osa, et kaardid kajastaksid arheoloogia viimaste aastate uurimistulemusi. Teiste ajastute kaarte on visuaalselt uuendatud, parandatud vigu ning atlase lõpuossa on lisatud ka mõned uued kaardid.