Geoökoloogilisi uuringuid Eestis alustati möödunud sajandi alguses koos linnade ja tööstuse arenemise ning maavarade kaevandamisega.
Hüdrogeoökoloogilised uuringud algasid märksa hiljem, pioneeriks oli tollane ENSV TA Geoloogia Instituut. 1965. a. algasid melioratiivse hüdrogeoloogia uuringud ja prioriteediks kujunesid veekaitse aspektid. 1980-ndatel aastatel hakati uurima ka vee kvaliteeti.
Monograafiline teadustöö «Hüdrogeoökoloogilised uuringud Geoloogia Instituudis aastail 1965-2003» võimaldab aastate jooksul kogunenud andmebaasi ning tulemusi kasutada väga mitmepalgelisteks uuringuteks nii looduse kasutamisel kui ka kaitsel.