«Kolme sekundi» peategelane on Piet Hoffmann, endine narkar, kelle politsei on vanglas värvanud oma agendiks. Mees on pärit Köningsbergist, oskab vene ja poola keelt ning tal on ülesanne «imbuda» Poola narkomaffiasse ja kui see on korda läinud, sokutatakse ta range režiimiga vanglasse, et ta aitaks seal tegutsevad «pahad» kindlaks teha ja maffiaharu likvideerida. Ühel kohtumisel Poola narkomuuladega on ta mõrva tunnistajaks. Politsei aga otsustab selle mõrva «kinni mätsida» ja Hoffmanni ikkagi vangalsse sokutada, lubades talle pärast ülesande täitmist tasu ja uut elu.

Kui kriminaalkomissar Ewert Grens mõrva uurides kahtlustama hakkab, otsustavad kõrged politseiametnikud agent Hoffmanni (kellel on naine ja kaks väikest poega) maha müüa. Hoffmann on enne oma tagalat kindlustanud ja kuuleb raadiosaatjast snaipri ja Ewert Grensi juttu ja teab, millal tulistatakse vangla kõrval asuva kiriku tornist teda surmav kuul. 1503 m läbimiseks (just niisugune on vahemaa kiriku ja vangla vahel) kulub täpselt 3 sekundit.