Kopenhaageni kui linna ajalugu algab ajast, mil Øresundi lahe ääres asuv väike kaluriküla tundus soodsana tollal kogu Skandinaavias suurt võimu omanud piiskop Absalonile, kes rajas merekaldale kindluslinna 1167. aastal. Esimesed ehitised paiknesid kohal, kus praegu asub Taani valitsuse igapäevane tööpaik Christiansborg. Vastasustatud linn-kindlus kuulus piiskopitoolile Roskildes ning alles 1417. aastal läks see üle kuningakojale ja tollal troonil olnud kuningas Erik VII valitsemise alla.
Linna areng kulges väga aeglaselt. 1350. aastal elas kindlusemüüride vahel umbes kolm tuhat elanikku, alles kaks sajandit hiljem, 1520. aastal loeti elanike arvuks 10 000.