Matsalu on Eestis ainsana arvatud Ramsari konventsiooniga rahvusvahelise tähtsusega märgalade hulka. Matsalu rahvusvaheline tähtsus tuleneb eelkõige tema tähtsusest lindude rändepeatuspaigana, kuid oluline on Matsalu laht koos Kasari luha ja ümbritseva ranniku ning Väinamere osaga ka vee- ja rannikulindude pesitsus- ja sulgimisalana.

Käesolev nimestik sisaldab kõiki Matsalu Looduskaitseala territooriumil kohatud Eestis tavalisi linnuliike. Haruldastest lindudest on nimekirja lülitatud vaid Linnuharulduste Komisjoni poolt tunnustatud vaatlused, samas on ära toodud ka liigi viimase kohtamise aasta ning mitmel aastal on teda üldse nähtud.
Kokku on Matsalu Looduskaitsealal registreeritud 270 nimetust linde, nende hulgas ka mõned hästi eristatavad alamliigid. Regulaarseid pesitsejaid on 157 liiki.