Kooli uut akvaariumi puhastades märkab Sabrina üpris ebatavalisi allveeasukaid. Ta moondab end tillukeseks näkineiuks ja avastab kadunud Atlantise… akvaariumist! Vägevas vee alla vajunud linnas elab mererahvas, kes on nii iidne, et ei mäleta enam oma päritolu. Atlantislased usuvad, et Sabrina on legendaarne Merikarbikuninganna, kes tuli, et viia nende linn tagasi Ääretutesse Vetesse.
Sabrina tahab toimetada linna planeedi sellesse paika, kus on selle õige koht, aga kuidas seda teha, paljastamata oma võluvõimeid härra Kraftile ja surelikele klassikaaslastele? Ja mis siis, kui leidub keegi, kes ei taha, et kadunud linn leitaks?