Kui Tomi vend leetritesse jääb, saadetakse poiss onu ja tädi juurde, kes elavad kortermajas. Tomi koolivaheaeg näib olevat rikutud. Ent peagi selgub, et vana maja varjab endas saladust. Koridoris seisev vanaaegne kappkell lööb pärast südaööd kolmeteistkümnendat tundi. Asja uurima minnes avastab Tom, et sel lisatunnil ilmub maja ümber suur aed, millisest üks poiss vaid unistada võib. Tom sobitaks hea meelega sõprust kolme poisiga, kes aias mängimas käivad, ent kahjuks on ta nende ja kõigi teiste öise maja elanike jaoks nähtamatu. Kõigi jaoks peale väikese tüdruku nimega Hatty. Mida vahvamaks Hattyga koos veedetud aeg muutub, seda tähtsam tundub Tomile lahendada aia saladus, mis ilmub maja ümber vaid kolmeteistkümnendal öötunnil.

«Tomi kesköine aed» on südamlik lugu kahe väga erineva lapse sõprusest. Selles on põnevust ja salapära ning ootamatu lõpplahendus lisab kogu loole erilist soojust.